清晨的阳光从天空投下，将千叶县的海面照耀的一片银白，TPC远东总部基地就矗立在那片蔚蓝之中，钢架结构在阳光下折射出冷冽的金属光泽。
距离基地三百米处，一架灰色运输机正低空掠过海面，机翼搅动的气流在海面上划出两道转瞬即逝的白痕，引擎的轰鸣声被海风揉碎成断续的震颤，但很快这股轰鸣就随着运输机降落在基地而消失。
克里莫斯诸岛战役尚未在记忆里完全散去，戴西玛尼亚庞大的生物残骸碎片被TPC的运输机回收，堆积在基地最深处的生物科学调查室中。
不止是这些被回收的残骸碎片，克里莫斯诸岛以南约800公里的太平洋海底，TPC在大约1000米深处发现了大型的人工建筑。
由于其场所距离克里莫斯诸岛较远，所以GUTS分析这应该和绑架泽井总监的事件并无直接关联，但在高压的海底出现的人工建筑，虽然没有彻底探查，但那股不可名状的恐惧却席卷了GUTS每一个人，让他们都有了同一个猜测。
这莫非是幽怜口中的超古代文明遗迹？现如今它被发现于海底深处，这段文明真的是被毁灭了吗......
为了调查这诡异的人工造物，TPC派遣了才组建不久的海洋调查队龙宫进行长时间的观测，而基地这边也没闲下来。
克里莫斯诸岛事件充分证明了人类一直被地球外生命体持续关注着，为了彻底了解它们的目的，TPC的生物科学调查室开始紧急对其进行分析，首席科学家丹后博士则感到十分沮丧。
“哈？！你们为什么每次都要打乱我的安排呢！”
GUTS司令室的大屏幕上显示着一个带着眼镜的男子，他烦躁的抓着自己本就稀疏的头发，对着屏幕那边的GUTS发着牢骚。
叶一凡面无表情的注视着这个男子，对于他的事迹，叶一凡一直记得很清楚。
丹后雄二，TPC生命科学研究中心科学家，一直进行着有关地球外生命体的研究，但他的主要项目还是致力研究迪迦金字塔的雕像碎片，可是这个人...并不是一个好人。
他的心胸十分狭窄，对自己的头脑也很高傲，一直看不起将他呼来唤去的GUTS，同时也不满TPC对他的安排。
叶一凡知道他和未来的F计划有关系，但在旧GUTS的这段时间，他和这个自傲的科学家有过几次接触，最后叶一凡得出的结论是他和过去的裘玄冥一样，真的让人很讨厌。
紧盯着屏幕那张带着嘲讽的脸，叶一凡冷漠的回应说：“侵略者可不会考虑你是不是方便，或者你的研究计划排到了哪一年。它们已经来了，并且目标明确。”
“没错。”崛井在一旁帮腔，他盯着正在被扫描的戴西玛尼亚碎片样本，那一块暗沉的金属上还粘连着暗红色的干瘪组织，眯起眼睛问。“这东西，它的构造......完全违背了我们已知的生物学，我们需要知道它的底细。”
对这些话，丹后博士像以前一样不满的啧了一声：“我们想集中精力去分析迪迦之地的石像！这才是解开超古代之谜的关键，但即便不是，你们的队长大人也总是在催命，抱怨我们工作进度缓慢！”
这句话让沉默的大古抬起头，他不仅想到的是自己身份的暴露，更好奇一种其他的结果。
迪迦之地的石像不止迪迦一个，被哥尔赞美尔巴毁坏的两座石像，在以前应该也是......巨人吧？而如果，以前并非只有一个迪迦的话.......
大古的思绪飘回到宗方指挥牺牲的时候，那时自己陷入了黑山羊幼崽构建出的黑暗，看到了迪迦奥特曼隐藏的黑暗......不止是看到了黑色的迪迦，更看到了他身后三个黑暗的巨大影子......
太平洋海底隆起的建筑让大古很不安，他有一种预感。基里艾洛德曾经提过的黑暗支配者，那个在哥尔赞脑部刻画的不洁之物、毁灭了超古代文明的元凶快要来了......
不过经历了宗方指挥的牺牲，还有明白战斗意义的大古不会退缩，他还想问点关于迪迦石像的事，却看到屏幕中的男子挥了挥手，像赶苍蝇一样说：“麻烦告诉你们亲爱的队长，让她不要强人所难，一定要告诉她啊！”
说完这句通讯就切断了，丹后博士那嚣张的表情让GUTS都很不满，但一份关于戴西玛尼亚残骸的初步分析报告，还是被丹后极不情愿的提交到泽井总监的案头，并抄送给了GUTS。
据这份报告，戴西玛尼亚的构成物质，与过去在地球上采集的地球外智慧生物具有相同的构造。
所谓过去的事件，指的是24年前在华夏昆仑山脉有巨型不明飞行物坠落。由于这是一个边界划分比较复杂的区域，所以联合国派遣泽井总监前往现场进行调查，泽井也在那里亲眼目睹了地球外智慧生物，也就是外星人。
在那之后，在不明飞行物坠落地点附近，三个亚洲国家——华夏，印度以及巴基斯坦建立了一个军事基地，并对那个外星人进行共同管理。
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